初期HDDの状態で起動していないので、SSD換装による不具合なのかどうかは不明ですが、起こった症状はググっても出てこなかったので、参考に書いておこうと思います。
症状：コントローラーの無線ペアリングができない
USBケーブルを接続している場合は、PCボタンによりペアリング状態（ライトバーが青色点灯）になるが、USBケーブルを切断するとペアリングが解消されてしまう。
その後、コントローラー側でPSボタンを押しても何も反応しない。（長押ししても反応なし・よってコントローラーでのPS4の電源ON/OFFができない）といった感じ。コントローラーのリセット（背面リセットボタン）も効果なし。
最初は充電不足によるものかと思い、一晩充電しましたが結果は同じでした。
ここで一度取り外したHDDに戻してペアリングできるか試しましたが、結果同じでしたのでサポートにメール。初期不良の対応をお願いしました。
その日のうちにサポートからから電話がかかってきて、上記説明後、送り返してくださいということに・・・現在入院中です。
PS4はRoSの為に購入したので、8/21（木）までには戻ってくればいいかなといった感じです。
（8/11（月）に配送業者へ依頼）
今後だとDestiny同梱パックもおそらく初期型（色が白になっただけ）だと思うので、色が白じゃなきゃ嫌だとか、もう予約しちゃったって方以外は、先にちゃんと使えるPS4本体を購入しておくのもアリかもしれません。
（RoS発売日ギリギリに買わなくてよかった・・・ε-(´∀｀*)ﾎｯ）
※2014/8/15追記
PS4が帰ってきました。というか初期不良なので新しいのに交換ですね。
今度はうまくペアリング出来ました。SSD換装も問題なく完了。
届いたのは8/14（木）の午前中なのでやっぱり早いですね。別のブログのように「発送しましたメール」などは何もきませんでした。